До появления города

С 1323 года по Ореховскому мирному договору остров Котлин, на котором расположен Кронштадт, служил границей между Новгородской республикой, а затем Россией — с одной стороны и Швецией — с другой. 27 февраля (9 марта) 1617 года по Столбовскому мирному договору остров отошёл к шведам.

Во время Северной войны, в декабре 1702 года, посол Хилков сообщил в тайном письме из Стокгольма в Москву про остров Котлин, мимо «которого никакому судну, окроме лодок, обойтить невозможно».

В 1703 году, когда шведские корабли ушли в свои незамерзающие порты, Пётр I начал возводить на нём крепость.

Возникновение города

Первый форт был построен на насыпанном за одну зиму 1703—1704 годов острове, на отмели, тянущейся от материка на север и оканчивающейся вблизи острова Котлин — на краю фарватера со стороны материка: в северной части залив был слишком мелок для прохода больших судов (в чём Пётр убедился, лично проверив доложенные ему результаты замера глубин). Для возведения форта на льду из хвойных пород дерева сколачивались ряжи, вокруг них прорубались проруби (майны), после чего заполнявшиеся камнями ряжи опускались под своей тяжестью на дно, создавая основу для насыпи. Возведя затем на острове и на берегу по форту, Пётр создал надёжный заслон. Работа проходила в напряжённом темпе, и уже на следующую весну шведы, открывая навигацию, с удивлением обнаружили в заливе, который они ещё недавно считали своим, откуда ни возьмись появившуюся крепость, отныне закрывшую им подход к Невской губе.

7 (18) мая 1704 года крепость была освящена и названа Кроншлот (нидерл. Kronslot — коронный за́мок). Этот день и считается датой основания города Кронштадта, а архитектором крепости является Доменико Трезини. Расположение Кроншлота оказалось настолько удачным, что за всю его историю (и Кронштадта впоследствии) мимо него не прошло ни одно неприятельское судно. В летние кампании 1704 и 1705 годов крепость совместно с флотом дважды успешно выдержала оборону от шведского флота.

В 1706 году крепость дополнена Александр-шанцем в западной оконечности острова. В Кронштадт на постоянное место жительство переселяли дворян, купцов с семьями и многочисленных работных людей. В это время были возведены трёхэтажный дворец Петра I (сгорел в конце XVIII века) и Итальянский дворец А. Д. Меншикова.

В 1717 году на острове был основан морской госпиталь.

7 (18) октября 1723 года на острове Котлин в торжественной обстановке состоялась закладка Петром I крепости Кронштадт, «…которая заключала бы в себя весь город и все портовые сооружения, и служила бы делу обороны со всех сторон». Тогда же и город на острове Котлин был назван Кронштадтом, что означает «коронный город».

С 1720-х Кронштадт стал главной военно-морской базой Балтийского флота. В 1722 году сооружён форт-остров «Цитадель». В 1723—1747 годах построена центральная крепость, окружающая Кронштадт с моря и суши.

В январе 1733 г. при морском госпитале открылась госпитальная лекарская школа — первое военно-морское медицинское учебное заведение страны.

После катастрофического пожара 23 июля 1764 года Кронштадт восстанавливался по генеральному плану, составленному архитектором С. И. Чевакинским. В 1783 году Екатерина II хотела перевести адмиралтейство из Санкт-Петербурга в Кронштадт; комплекс зданий Кронштадтского адмиралтейства был построен в 1780—1790-х годах по проектам архитекторов М. Н. Ветошникова, В. И. Баженова и Ч. Камерона. Павел I отменил этот проект. В 1786 году открылось Морское офицерское собрание, ставшее центром культурной жизни Кронштадта.

В 1789 году был построен казённый Кронштадтский чугунолитейный завод, входивший до 1827 года в состав Олонецких горных заводов. В начале 1800-х количество мастеровых доходило до 190 человек
Значительная часть построек Кронштадта, порта и крепости была разрушена в результате наводнения 1824 года. Для руководства работами по восстановлению города был создан Комитет об устройстве Кронштадта. В результате деятельности Комитета были сооружены Гостиный двор (1833—1835), комплекс военно-морского госпиталя (1830—1840-е), арсенал (1832—1836) и другие. В 1858 году завершено строительство Пароходного завода (теперь Кронштадтский морской завод).

В 1840 году при Кронштадтском морском госпитале была сформирована Военно-фельдшерская школа.

В 1855 году во время Крымской войны Финский залив в лету имел многоуровневую минно-артиллерийскую позицию, обладавшую винтовыми канонерками и кораблями, а также береговыми батареями и морскими минами. Балтийский флот в основе имел 26 парусных линейных кораблей и 17 фрегатов. Англо-французская эскадра, посланная в Финский залив, 27 мая 1855 попала под обстрел батарей Кронштадта и более не пыталась атаковать крепость и Санкт-Петербург.

В 1861—1888 годах Кронштадтская крепость была перестроена по проекту военного инженера Э. И. Тотлебена. Крепость была перевооружена нарезной артиллерией.

2 ноября 1874 года здесь были учреждены Минный офицерский класс и Минная школа. 13 июля 1891 года в Кронштадт с официальным визитом пришла французская эскадра.

В октябре 1905 года в Кронштадте вспыхнуло восстание, в котором принимали участие около 3 тысяч матросов и 1,5 тысяч солдат. 26 октября город фактически оказался в руках восставших, однако отсутствие руководства и дисциплины привело к погромам винных складов, магазинов и жилых домов. 27 октября прибывшие из Санкт-Петербурга и Ораниенбаума войска подавили восстание. В результате с обеих сторон 22 человека убиты или умерли от ран, около 100 человек ранены, около 3 тысяч участников восстания арестованы (9 человек приговорены к различным срокам каторги, 67 человек — к различным срокам тюремного заключения).

Гражданская война

17 февраля 1918 года сюда из Гельсингфорса и Ревеля по инициативе и под командованием капитана первого ранга А. М. Щастного было начато перебазирование Балтийского флота («Ледовый поход»). Кронштадт стал главной базой советского флота в борьбе против английского флота в Финском заливе в 1919 году.

В годы гражданской войны в июне-сентябре 1919 года подвергался ударам британской авиации (зафиксировано свыше 20 налётов, в которых 1 самолёт был сбит зенитным огнём), прямых попаданий в корабли и береговые объекты флота не зафиксировано. Небольшие повреждения получили промышленные предприятия и жилые дома, наиболее трагическим стал налёт 1 августа, когда бомба упала в Летний сад во время народных гуляний (погибло 11 и ранено 12 человек).18 августа 8 английских торпедных катеров совершили дерзкий рейд на Кронштадт, причинив тяжёлые повреждения линкору «Андрей Первозванный» и плавбазе «Память Азова», но в свою очередь потеряв от огня эсминца «Гавриил» три катера.

28 февраля 1921 года оказалось, что на выборах в местные советы не прошли члены большевистской партии. Это событие было квалифицировано в Москве как «Кронштадтский мятеж». 7 марта 1921 года войска под командованием Михаила Тухачевского начали обстреливать Кронштадт, бескровно восставший против большевиков. Среди требований восставших: обеспечение свободных перевыборов Советов, свобода слова и печати для рабочих и крестьян, свобода собраний, профсоюзов и объединений крестьян, освобождение политзаключённых, реализация лозунга «землю — крестьянам», разрешение кустарного производства собственным трудом.

Участник восстания С. Петриченко позднее писал: «Стоя по пояс в крови трудящихся, кровавый фельдмаршал Троцкий первый открыл огонь по революционному Кронштадту, восставшему против власти коммунистов для восстановления подлинной власти Советов». Тем не менее это восстание заставило Ленина перейти к Новой экономической политике (НЭП) и отменить практику военного коммунизма.

С весны 1922 началось массовое выселение жителей Кронштадта с острова.
Великая Отечественная война
Линии фронта на 21 сентября 1941 года

В годы Великой Отечественной войны 22 июня 1941 в начале четвёртого часа утра наблюдатели на фортах и на кораблях обнаружили группу чужих самолётов. 19 бомбардировщиков летели к Котлину с севера. Немецкие самолёты ушли, сбросили магнитные мины на внешнем рейде в стороне от Кронштадтского корабельного фарватера и в Ленинградский морской канал. Несмотря на полученное заранее предупреждение из Москвы о приведении флота в оперативную готовность № 1, отражение налёта было организовано плохо: из фортов крепости и с линкора «Марат» зенитная артиллерия ударила по самолётам с большим опозданием, уже после сброса мин, не поразив ни одной цели.

Береговая оборона крепости состояла из трёх укреплённых секторов (Кронштадтского, Выборгского и Гогландского). Противовоздушная оборона базы флота состояла из 2 зенитных артиллерийских полков и 4 отдельных дивизионов. 18 июля 1941 года в Кронштадте были введены продовольственные карточки.

23 сентября 1941 года состоялся налёт Люфтваффе на Кронштадт. В ходе налёта Кронштадт понёс большие разрушения, был тяжело повреждён линкор «Марат», другие корабли и суда, разрушены здания и Морской завод.
Обводный канал в центре Кронштадта

В конце августа флоту пришлось оставить Таллин. Около 140 кораблей и судов прорвались в Кронштадт. Кронштадт из главной военно-морской базы 30 октября был преобразован в военно-морскую крепость. Зимой 1941 из кронштадтских запасов в Ленинград было перевезено более 3000 тонн продуктов. Во время блокады кронштадтцы ловили рыбу вокруг острова; дошло до мелкой, до 4 см в длину, рыбки-колюшки (позже сделали небольшой памятник блокадной колюшке на набережной).

Город находился в блокаде, но удерживался советскими войсками. Малая дорога жизни связывала Ораниенбаум, Кронштадт и Лисий Нос.

Современный период

В 1996 году город перестал быть закрытым городом — въезд в него для россиян и иностранцев стал свободным.

Ежегодно, в последнее воскресенье июля, в Кронштадте традиционно отмечается День Военно-Морского Флота России с участием парада военных кораблей.

В городе активно развивается туристическая отрасль. Так, в 2018 году Кронштадт посетили 1,52 миллиона туристов.

В 2019 году стало известно, что по поручению президента РФ Владимира Путина в течение пяти лет в Кронштадте будет создан туристско-рекреационный кластер. Реализация проекта «Кронштадт. Остров фортов» обсуждалась на Санкт-Петербургском международном экономическом форуме. Проект подразумевает возведение самого большого в мире музея Военно-Морского Флота, океанариума, дайвинг-центра, гостиницы, марины для яхт и катеров, а также научных и образовательных площадок.